1895年,甲午戰爭後,日本與清帝國訂立馬關條約,將臺灣收入日本版圖。日本設總督府統治全臺,正式施政。自此至二戰結束為止,其間名稱多次變更。明治三十九年(1906年)嘉義大地震,城垣全毀,僅存東門。
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